Selkämereksi nimitetään Pohjanlahden eteläosaa, joka käsittää Ahvenanmaan pohjoispuolisen alueen Merenkurkkuun saakka. Selkämeren pinta-ala on noin viidennes koko Itämeren alasta. Selkämeren rannikon perustan muodostaa mannerjäätikön muovaama kallioperä. Sitä peittävät eri-ikäiset kerrostuneet kivilajit. Selkämeren itäpuolinen pohja on tasaista ja loivasti syvenevää, kun taas länsipuoli on jyrkästi syvenevää ja rikkonaista. Peruskallion muodot, kivilajien laatu ja mannerjäätikön toiminta ovat vaikuttaneet Selkämeren nykyiseen syvyyteen.
Selkämeren alueelle on ominaista maankohoaminen merestä. Maa nousee nykyään sadassa vuodessa kuutisenkymmentä senttiä. Uusia maa-alueita on syntynyt koko ajan. Maisema on muuttunut jo ihmisiän aikana. Maankohoaminen näkyy parhaiten maisemassa rantakasvillisuuden muutoksina. Rantaluonto käy maan paljastuttua merestä läpi sukkession eri vaiheet.
Selkämeri on erilainen kuin muut Itämeren merialueet. Se on kokonaisuutena ottaen hyvässä kunnossa ja sen ulappa on jopa erinomaisessa kunnossa. Toisaalta rehevöityminen sekä ulompana merellä että rannikon läheisyydessä uhkaavat lisääntyä. Monelle saaristossa kulkevalle meren tilan huononeminen tarkoittaa juuri rehevöitymistä. Sen lisäksi haastetta tuovat muun muassa ilmastonmuutos, kemikalisoituminen, lajimuutoksetja onnettomuusriskit.